虽然99年RTS精品频出，此类型游戏的一些老玩家们真正期待的只有一款游戏--《命令与征服：泰伯利亚之日》（Command & Conquer: Tiberian Sun）。《红色警戒》之后WESTWOOD似乎一直都在养兵蓄锐，人们对于这家RTS游戏的开拓者依然心存敬畏，因此这款时隔三年的《泰伯利亚之日》自然受到了玩家以及媒体的极力吹捧。该作由于采用全新引擎制作，开发者为其整整付出了两年半的时间。可惜的是这款费时费力的游戏并没有任何突出之处，虽然它也没有出现什么严重的BUG、失衡的系统设定，不过它显然辜负了广大玩家的期待。

真正让人惊喜的作品显然是《帝国时代2》。从表面上看，《帝国时代2》除了更加细腻的画面外，其余方面与前作几乎没有什么区别。当玩家们静下心来认真的玩过一遍之后就会发现，《帝国时代2》的进化竟然是如此的迅猛。系统上的进化几乎达到了颠峰状态，阵型排列对于战争的胜负意义重大，而游戏中的智能阵型更是十分之体贴。当玩家选择一支由不同单位组成的军队，它们将自动排列以便让近战单位保护弓箭手等远程单位。在战斗过程中，单位可以选择适当的攻击目标而不会静静地站在原地或者跑去攻击无关紧要的对象。前作中的弱项如AI、寻道等方面成为了续作的突出特点。另外游戏中一些细微的改进也可以看出制作者的良苦用心，人物与建筑的比例更加真实、各种族以自己的母语说话，这些看似无关的改进却大大增加了游戏的真实感觉。另外，除了大魄力的大规模战争外，游戏中的微观管理也十分出色。玩家们并不会感觉到逐一命令农民进行各种后勤工作是在浪费时间，农田、森林、金矿、石矿，这些种类多样的能源相互配合为游戏增加了更为丰富的战略性。《帝国时代2》还发售了一款资料片《征服者》，在不少玩家眼中，《帝国时代2：帝王时代》以及《帝国时代2：征服者》就是有史以来最为游戏的RTS游戏。

进入2000年，3D技术的进化速度令人目不暇接，RTS游戏也开始全面向3D进化。LucasArts基于《星球大战》又开发了一款名为《星球大战：原力指挥官》的RTS，可惜的是LucasArts在这类型游戏上实在是缺乏经验。这款全3D游戏在视角、3D地图设计等都十分失败，战略性也十分有限。大致在四个月之后，Sierra Studios也发行了一款全3D即时战略游戏。《地面控制》同样试图以华丽的画面吸引玩家。游戏整体风格类似《战地2100》，强调火爆的战争场面，没有资源管理概念而采用固定单位。与《原力指挥官》不同，《地面控制》的3D引擎要出色的多，不仅画面更加漂亮，地形方面效果更是相当惊人。可惜的是游戏内在品质却是一般，基本上没有多大重玩价值，仅适合对RTS游戏并不熟悉的普通玩家。

回合制与即时战略越来越有互相融合的趋势。99年初SSI宣布以回合制战略游戏著名的"战神"系列将推出一款RTS续作，虽然玩家们普遍持怀疑态度，不过当2000年夏季游戏发售后，人们发现《战神：战争呐喊》确实是一款十分出色的作品。如何能在保持回合制《战神》的特点上，融入即时战略的操作方式呢？开发公司SSG将原作中注重的英雄这一角色培养成新作的突出点。这是一款真正具备角色扮演游戏要素的RTS。游戏中的英雄是在不断的战斗中积累经验值而成长起来的，玩家可以将英雄从一场战争带到另外一场战争。16个英雄职业、8个英雄种族、以及82中不同的符咒，这些丰富的设定给游戏带来了极高的可玩性。可惜的是这款游戏同样成为叫好不叫座的典型--最终销量仅仅2万套。尽管如此，这款游戏对RTS游戏类型的贡献不容忽视，其注重英雄培养的RPG元素也被暴雪所借鉴，而后在《魔兽争霸3》中，这种设定受到了玩家们的普遍认可。