不管《Command HQ》以及《星际军团》如何出色，他们只不过是真正王者诞生之前的小小插曲。《沙丘魔堡2》（Dune II）的出现改变了即时战略游戏的命运。"我觉得《沙丘魔堡2》是当今RTS游戏之母，如今所有的RTS游戏都可以在这款游戏中找到其根源。"《魔兽争霸3》的制作人Rob Pardo显然也是"沙丘魔堡"的忠实拥护者。

其实早在1989年《沙丘魔堡2》的创意就已经在酝酿中。当时《Dune II》的创作者Brett Sperry正在开发一款名为《魔眼杀机》（Eye of the Beholder）的游戏，"我总是会问自己'如果加上这个或那个会怎么样？'或者'如果……不就会非常酷吗？'然后的几年中我会暂时放下这个想法，但在产生灵感的时候做一些记录，然后或许我们就会开始创作这个游戏。"。《沙丘魔堡2》的游戏概念就在《魔眼杀机》的制作中逐渐成型，不久后，Brett Sperry开始尝试将这种概念结合Frank Herbert的著名小说，创作一款科幻风格的即时战略游戏。Sperry本身十分喜欢世嘉的《Herzog Zwei》，因此在这款游戏中也大量借鉴了该作中的一些特点，当然，还有一些重要的改进：《Dune II》引入了不同派系可以拥有不同单位和武器的概念；玩家还可以按照任何顺序进行建设，并引入了建筑的从属关系。为了生产采集车和坦克，玩家必须建造一座重型工厂。但是为了建造重型工厂，玩家先要拥有一座轻型工厂，如此等等。游戏中还有25个单位的建造限制，超过这个限制之后玩家只能从太空站购买新的单位。该设定自然是出于当时硬件机能的限制，虽然因此无法展现大规模战争的刺激性，不过对于当时而言，这种可以让玩家即时操作的战争已经足以令人兴奋不已了。

《沙丘魔堡2》发售后的两年内，即时战略游戏市场出现了一段短暂的真空期，RTS这种游戏类型几乎被人们淡忘。就在这个时候，Blizzard决定用自己的方式诠释RTS。暴雪通过避开《Dune II》的科幻风格而带给玩家一个神秘的魔幻世界。《魔兽争霸》（Warcraft）就在这样的背景下横空出世。游戏徒手肉搏的战斗方式给人更强的动作游戏感觉，单人战役中有效的游戏方式通常是建造足够的近战肉搏单位来防御远程单位，后者可以避开对方的攻击并给其造成严重的伤害。游戏中有两种需要采集的资源--木头和金子--大多数建筑同时需要花费这两种资源。简单的"采集、建造、征服"模式也开始出现进化的势头。不过其中也有一个很大的缺陷就是其系统AI实在太低，作战单位将会盲目地攻击自己发现的任何目标，这使得玩家很容易利用诱骗单位转移和引开对方的大军。此外，单位的寻道也很糟糕。熟练的玩家很容易了解AI的工作方式，在单人模式中打败对手就会变得十分简单。幸运的是这款游戏的多人模式掩盖了这些技术上的缺陷。在《征服世界》中就已经出现了可以让玩家们互相战斗的多人模式，然而却仅限于局域网内，《魔兽争霸》则是第一款真正可以让玩家在网络上进行的RTS游戏。