在THE KING OF FIGHTERS 2000大会举办过程中，一个城市被卫星兵器ZERO CANON摧毁了。
但是各个国家的报纸却掩饰说这是人工卫星事故。

虽然“终止必然会出事的KOF大会"之声不少，但讽刺的是，这个有名的格斗大会却再次恢复人气。
而且人门的热衷程度甚至比KOF97更加厉害。

但是，在这个世界性的大会中，一个惊人的事实逐渐被揭露开来，大会参赛者的名单中竟然有N.E.S.T.S. TEAM的出现!!

大会主办者的真正目的究竟是什么呢?而且今次的大会并没有保证惨剧不会再次发生……
THE KING OF FIGHTERS N.E.S.T.S.的第3篇。

一切都会在今次的大会后完结!!