二代之后，KOEI的其他系列作品不断有新作问世，惟独《太阁立志传3》没有任何消息。整个太阁立志传系列沉默了整整5年的时间。
1999年，又是3月，《太阁立志传3》日文版终于问世，640×480的256色画面在当时堪称精美，这也成为这一代最值得称道的地方，KOEI的美工在画面上下了很大的工夫，各个人物的头像不再象前代般千篇一律，各个武将的头像各有自己的特色，甚至可以从头像中看出人物的性格。
在人物属性上，进入游戏时玩家可以根据自己的选择决定自己的武将偏重属性，共有智将型、英雄型、迷糊型，决定了以后能学到的技能的最大限度。同时，三代的城市和村镇比起前代更多地图更加广阔。在内政系统上，三代极大地丰富了内政的指令，为四代的内政部分奠定了基础。
遗憾的是，在开放性上，三代比起二代来显然单薄了些。除了主角藤吉郎之外，虽然增加了一个虚构的人物梁田政胜（柴田胜家和织田市的儿子），但是却没有更多的人物选择了，这样使得游戏的耐玩性和乐趣降低不少。也许是后来KOEI意识到了这一点，才出现了《太阁立志传4》众多的人物选择。
三代虽然画面和音乐上的质量堪称上乘，而且在内政系统和战斗指令上做了很大的创新，但是游戏性明显不如2代，更多地充当了一种承前启后的作用。但是，由于中文版本在国内的流传，使得很多新玩家是从这一代才开始接触太阁立志传系列的，就这一点讲，第三波功不可没。
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